Arkistolaitoksessa säilytetään sekä valtion viranomaisten toiminnan tuloksena kertyneitä asiakirjoja että yksityisluonteista aineistoa. Arkistolaitokseen on myös hankittu jäljennöksiä ulkomaisissa arkistoissa säilytettävistä Suomea koskevista asiakirjoista. Osa arkistolaitoksessa säilytettävästä aineistosta on käytettävissä myös digitaaliarkistossa.
Arkistolain määräysten mukaisesti valtion viranomaiset siirtävät 40 vuotta vanhemmat pysyvästi säilytettävät asiakirjansa arkistolaitokseen ja tutkijoiden käyttöön. Lakkautettujen viranomaisten pysyvästi säilytettävät asiakirjat voidaan siirtää arkistolaitokseen tätä nuorempinakin.
Valtion paikallis- ja aluehallinnon viranomaisten pysyvästi säilytettäviä asiakirjoja säilytetään siinä arkistolaitoksen yksikössä, jonka arkistopiirissä viranomainen on toiminut. Keskushallinnon viranomaisten arkistoja säilytetään Kansallisarkistossa.
Pääsääntöisesti kunnat, kaupungit ja kuntayhtymät säilyttävät omissa keskusarkistoissaan niiden toiminnasta kertyneet pysyvästi säilytettävät asiakirjat. Arkistolaitoksessa säilytettävät kuntien arkistot ovat yleensä sotien seurauksena rajan taakse jääneiden kuntien arkistoja.
Samoin seurakunnat säilyttävät itse omat asiakirjansa. Niillä on kuitenkin mahdollisuus tallettaa arkistojaan arkistolaitoksen yksiköihin säilytettäväksi. Tästä syystä monen seurakunnan vanhimmat asiakirjat ovat käytettävissä arkistolaitoksen tutkijasaleissa. Alkuperäisten asiakirjojen suojaamiseksi kuitenkin väestörekisteriasiakirjoja tutkitaan mikrofilmeiltä tai -korteilta.
Viranomaisten asiakirjojen lisäksi arkistolaitoksessa säilytetään monenlaisia yksityisarkistoja: yksityishenkilöiden ja sukujen arkistoja, järjestöjen ja yhdistysten arkistoja ja myös liikeyritysten arkistoja. Yksityisarkistojen osalta luovuttajan toive määrää arkiston sijoituspaikan. Tavallisesti arkisto luovutetaan siihen arkistolaitoksen yksikköön, jonka arkistopiirissä yhdistys tai liikeyritys on toiminut tai yksityishenkilö tai suku on elänyt ja vaikuttanut. Valtakunnallisesti toimivien yhdistysten keskusjärjestöjen arkistoja säilytetään Kansallisarkistossa.