Saamelaisviranomaiset siirtävät pysyvästi säilytettävät paperiasiakirjansa Saamelaisarkistoon. Tämän lisäksi Saamelaisarkisto ottaa vastaan saamentutkimukselle merkittävien yksityishenkilöiden, sukujen, yhdistysten, säätiöiden ja yritysten arkistoja.

Ensimmäisen viiden toimintavuotensa aikana Saamelaisarkisto on vastaanottanut viitisenkymmentä yksityisarkistoa, joista osa on siirretty Saamelaisarkistoon Saamelaismuseo Siidasta, mutta myös Kansallisarkiston Helsingin ja Oulun toimipaikoista. Aineistot palvelevat monipuolisesti monitieteellistä saamentutkimusta, mutta myös omasta suvun, perheen ja kotipaikan historiasta kiinnostuneita kansalaisia.

Saamelaisarkiston kokoelmat käsittävät noin 270 hyllymetriä, josta valtaosa on järjestämätöntä. Lisäksi Saamelaisarkistossa on runsaasti audiovisuaalista sekä ääniteaineistoa, joita säilytetään omassa niille tarkoitetussa nauhoitearkistossa.